Lors de la mise en route d’une nutrition entérale, il est important d’adapter les apports au cours du temps et de respecter deux phases :
 une phase initiale (de 3 à 5 jours) toujours caractérisée par l’augmentation progressive des apports en fonction de la tolérance clinique. La nutrition entérale est augmentée sur quelques jours en volume et concentration pour atteindre, à la phase stable, les apports requis en volume. Son administration débute donc par des débits de 10 à 20 ml/h avec une augmentation progressive sur 3 à 5 jours par paliers de 10 à 20 ml/h jusqu’au volume souhaité. Il est recommandé chez les nourrissons de ne pas dépasser au début des débits de 50 ml/h environ.
 une phase d’équilibre au cours de laquelle la tolérance est appréciée sur l’absence de signes digestifs (nausées, vomissements, toux, agitation, ballonnement, météorisme abdominal) et sur les caractéristiques des selles (nombre, volume, aspect, parfois pH et recherche de sucres réducteurs, présence de sang).